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1) 검사 당일 환자의 인적 사항, 체중, 키, 복부 둘레 등을 컴퓨터에 입력하고 휴대용 저장 장치를 컴퓨터에 연결하여 초기화한다.
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2) 환자의 허리에 벨트를 채운 다음 저장 장치를 고정시키고 환자에게 검사 중에 전지가 뜨거워질 수 있다는 것을 미리 설명한다.
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3) 감지 배열기를 복부에 부착하고 전선이 꼬이지 않도록 저장 장치에 연결한다. 이때기록 장치에 전원이 들어왔다는 신호로 불이 들어왔다가 꺼진다.
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4) 다음은 캡슐내시경을 삼킬 차례로 캡슐을 자석이 붙어 있는 보관함에서 꺼내면, 캡슐내시경에 전원이 들어오면서 불빛이 1초에 2-3번씩 깜빡이며 작동을 시작하는데, 이때캡슐 불빛과 환자 저장 장치 위쪽의 불빛이 동시에 깜빡이는지를 확인한다.
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5) 캡슐내시경의 불이 깜빡이는 쪽을 목을 향하게 하여 물과 함께 삼키게 하고 삼킨 시간을 기록한다.
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6) 환자에게 저장 장치의 불빛이 1초에 2-3번씩 깜빡이는지를 가끔 확인하도록 교육하고 검사가 진행되는 도중 발생하는 음식이나 음료 섭취, 활동, 증상 모두를 기록하도록한다.
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7) 캡슐내시경 삼킨 후에 1-2시간 경과 후 캡슐내시경이 위를 통과하여 소장으로 진입여부를 real-time monitor 또는 복부X-선 검사를 시행하여 확인한다.
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8) 캡슐내시경이 위에 정체되어 소장으로 통과하지 못한 경우 위내시경을 통하여 올가미 또는 바스켓으로 캡슐내시경을 십이지장으로 통과시킨다.